3位牛津本科生学霸，4个月复现AlphaFold 3直接开源！

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文章摘要

【关键词】 AlphaFold 3、开源复现、蛋白质结构、DeepMind、科学共享

AlphaFold 3，由谷歌DeepMind在2022年5月发布，是一项在生物科学和计算机科学领域具有里程碑意义的成果，被认为具有诺贝尔奖潜力。该技术能够预测蛋白质结构，对药物发现和生物分子工程具有重大意义。尽管DeepMind仅发布了相关论文而未公布代码或模型权重，这一限制激起了科学界的广泛不满，导致多个团队和机构开始尝试复现AlphaFold 3。

Ligo，一家成立不到一年的初创公司，由三位牛津大学本科生创立，率先完成了AlphaFold 3的开源复现工作。他们的复现项目在GitHub上公开，尽管目前只发布了代码，但团队承诺将在训练和基准测试完成后发布权重，并采用Apache 2.0许可证，实现真正的开源。

Ligo团队在复现过程中，将DeepMind发布的模型架构和伪代码翻译为PyTorch代码，这涉及到大量的逆向分析和重构工作。他们发现并解决了原始论文中的一些问题，如MSE损失缩放公式的错误、原DiT中残差层的遗漏，以及MSA模块中无效层的问题。此外，Ligo团队还在探索更快速高效的实现方式，例如重用OpenFold的三角注意力机制。

Ligo的复现工作不仅包括了预测蛋白质结构，还计划在未来扩展到预测药物-蛋白质相互作用结构和核酸-蛋白质复合物结构。他们的模型已经在单链蛋白质上进行了训练，能够完成预测蛋白质结构的任务。

DeepMind的闭源做法引起了科学界的广泛批评，许多科学家认为这不符合科学进步的原则。在公众压力下，DeepMind承诺在6个月内公布模型及权重，但这一承诺并未平息所有批评。Ligo的成功复现，以及其他实验室和机构的努力，展示了科学界对开放科学和共享资源的强烈需求。

Ligo的成就不仅体现了其团队的技术实力，也反映了年轻科学家在推动科学进步方面的潜力。他们的工作为生物科技行业提供了宝贵的资源，有助于加速蛋白质结构的预测和相关研究。随着更多功能的实现和优化，Ligo的复现工作预计将对生物科学领域产生深远影响。